Заявление рассматривается на протяжении 45 рабочих дней со дня его регистрации. Данный срок при необходимости может быть продлен, но не более чем вдвое. Это происходит в том случае, когда возникает потребность в дополнительных измерениях (проводятся Министерством труда за счет средств федерального бюджета) или каких-либо изначально не предоставленных документах.
Итогом работы по рассмотрению разногласий является заключение. Если заявление работника признается удовлетворенным, в заключении предписывается бесплатное проведение повторной экспертизы качества СОУТ. Если основания для проведения такой экспертизы отсутствуют, это также отражается в заключении. Итоговый документ оформляется в 3 экземплярах, один из которых получает заявитель, второй поступает на хранение в Министерство труда, а третий – в тот исполнительный орган власти субъекта РФ, чье заключение экспертизы оспаривалось.